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上海光源大数据科学中心

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应用工具

BDSC 科学计算平台根据研究领域和实验方法,提供了相应的软件列表,欢迎登录AI-SSRF-SP 平台,使用您所需的软件,享受BDSC提供的高速计算服务。同时,若您所需的开源软件不在列表中,欢迎致电沟通。

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应用工具

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生物大分子晶体学衍射

Aquarium

Aquarium是上海光源生物大分子线站科学家为用户开发的数据处理流水线软件。数据采集完成后,数据分析自动提交至上海光源大数据科学中心的集群,数据分析结果自动反馈到制定网站。并且用户通过登录的方式方可进行数据采集,分析,查看和下载,确保数据安全。

目前Aquarium数据流水线已经部署在上海光源大科学数据中心集群,数据分析直接通过线站流水线进行。



GSAS-II

GSAS-II是一个基于python开发的开源软件,用于解析晶体结构和衍射基材料表征的结晶固体所有尺度结构信息,从钙钛矿到蛋白质,GSAS-II适用于X射线或中子粉末衍射或单晶衍射实验数据。

目前该软件已经部署在上海光源大科学数据中心集群,用户可以登录AI-SSRF-SP(链接??)申请权限,远程使用。

软件使用手册:https://gsas-ii.readthedocs.io/en/latest/packages.html

PITRE

        PITRE是上海光源成像线站科学家为用户开发的成像数据处理软件,其中PITRE支持基于传播的相衬成像/层析成像(PPCI/PPCT)的相位检索,提取衍射增强成像(DEI)的表观吸收、折射和散射信息,并允许对传统的吸收CT数据以及PPCT相位检索和DEI-CT提取信息进行平行束层析成像重建。PITRE_BM能实现批处理。
        目前该软件已经部署在上海光源大科学数据中心集群,用户采用域账号登录AI-SSRF-SP平台,申请权限,远程使用。
        软件使用手册:PITRE Manual.pdf

aXis 2000

  axis2000用于X射线谱学显微成像图像分析。axis2000提供集成式图形用户界面,用于读取、显示、操作和分析X射线谱学显微成像数据,可用于扫描透射X射线显微成像技术(Scanning Transmission X-ray Microscopy, STXM),X射线激发光电子显微成像技术(X-ray Photoemission Electron Microscopy, XPEEM),透射X射线显微成像技术(Transmission X-ray Microscopy,TXM)等数据分析处理。

Demeter

Demeter是一款用于处理分析XAFS和XANES实验数据软件

RAW

Reduction and analysis of small-angle X-ray solution scattering (SAXS) data

MAUD

MAUD是一款材料衍射分析软件,可用于组合分析的Rietveld扩展程序。它可以用于x射线、中子、TOF或电子衍射、荧光和反射率的参数的拟合。

目前该软件已经部署在上海光源大科学数据中心集群,用户可以登录AI-SSRF-SP申请权限,远程使用。

软件使用手册:https://luttero.github.io/maud/tutorials/

Nautilus

Nautilus是一个基于python,C++开发的开源软件,由上海光源与湘潭大学联合开发可用于小角散射数据处理软件。旨在为用户提供实时在线的批量数据预处理,主要功能包含:

①文件的可视化;

②样品到探测器距离和光斑中心的校正

③不同体系背底扣除;

④二维散射图积分曲线计算;

⑤批量处理功能;

⑥ USAXS/SAXS/WAXS实验方法联用数据的拼接。

目前该软件已经部署在上海光源大科学数据中心集群,用户采用域账号登录AI-SSRF-SP平台,申请权限,远程使用。

软件使用手册: Nautilus软件操作说明.pdf

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